ACTUALIZAR A NUEVAS VERSIONES
Las nuevas versiones ofrecen mejoras en la seguridad y funcionamiento de Ubuntu, por eso es importante actualizar a las nuevas versiones en cuanto estén disponibles. Pero...a veces nos encontramos con problemas, debido a que se han anulado librerías que antes se usaban, cambiándolas por otras más funcionales. Algunas de esas liberías afectan a programas relacionados con compiladores como el gcc, con impresoras, con vídeo, y se cambian por una nuevas versiones. Estos cambios no suelen dar problemas. Otras librerías aparecen cuando se ha  instalado un programa nuevo, que no está en el repositorio de Ubuntu. Posiblemente hemos metido en el repositorio de Ubuntu que usa synaptic, la referencia a repositorios de Medibunto, Akirad, u otro que nos haya interesado. Al actualizar, se revisa el repositorio de Ubuntu (Synaptic)  se desmarcan las referencias a otros repositorios, y el programa de actualización nos da la opción de guardarlas o borrarlas. Yo elijo guardarlas, la mayoría son realmente innecesarias, pues son librerías obsoletas del sistema, pero otras tienen  que ver con programas instalados de repositorios distintos a Ubuntu, y pienso que pueden dejar de funcionar algunas de las características propias de dicho programa. Eso me pasó con Kompozer, que aunque está en el repositorio de Ubuntu, para que me funcionara perfectamente, tuve que bajarlo de la página del autor, e instalarlo con la terminal.
Otra opción, que es la que uso actualmente es:
En mi disco duro tengo 3 particiones. (Para gestión de las particiones uso Gparted)
  1. Partición Ubuntu: formateada en ext3 para instalar Ubuntu
  2. Partición Ubuntu-Windows: formateada en fat32, como zona de intercambio entre Unbuntu y windows
  3. Partición Windows: formateada en ntfs para windows, para algunos programas que todavía uso
Todos los programas básicos que uso de Ubuntu (en tar), y documentos, archivos, imágenes, fotos, música, vídeos, etc, etc, etc, los tengo en la partición 2. Están protegidos, y puedo reinstalar Ubuntu o Windows sin alterarlos.Excepto aquello programas que he instalado en esa partición.

Si falla windows, formateo y reinstalo lo básico, lo mínimo, pues uso Ubuntu al 95%
Si hay una nueva versión de Ubuntu, me bajo el disco de instalación y reinstalo de cero. Reinstalo los programas que me interesan y listo. La gran ventaja es que además de limpiar esa partición, es que ahora reinstalo los programas que verdaderamente me gustan. El tiempo que tardo en esta operación, suele ser igual o menor que actualizar.

Tengo por costumbre instalar siempre con synaptic, y cuando a veces uso un repositorio distinto, como Medibuntu, o Akirad, me aseguro muy bien cuando uso la terminal de revisar lo que me pregunta el programa de instalación (incluido synaptic). Ejemplo:
 "se instalarán 234 paquetes, se actualizarán 23, se eliminarán 45" Se eliminan porque son incompatibles en las dependencias con las nuevas librerías, cuidado,  puede afectar a programas ya instalados que usan esas librería y no las nuevas.

También tengo por costumbre no activar la opción de backports en synaptic, pues al instalar algún programa pueden usar librerías de esa fuente, auqnue parecen iguales a las que tiene el sistema, pueden dar problemas en algunos programas como Stellarium.

Un problema añadido, es que el funcionamiento de los sistemas operativos nuevos, usan el potencial del nuevo hardware, y si mi ordenador tiene un hardware antiguo.....posiblemente se bloqueará por recalentamiento del procesador, al meterle caña. En este caso, use menos programas simultáneamente, o busque un modo de enfriar el procesador más eficazmente. Una manera es limpiar de polvo la CPU con un chorro de aire comprimido, no se olvide la cajita donde está la fuente de alimentación. No se puede imaginar la cantidad de basura que sale!!! Es mucho mejor que aspirar. Compruébelo. Además, se puede poner un ventilador extra, pero eso subirá el ruido....
Por último, para mejorar el rendimiento de Ubuntu: consulte Ubuntu Fácil